So extrahieren Sie schnell und zuverlässig DNA mit hohem Molekulargewicht (HMW DNA) – optimal für Long Read Seq, Genome Mapping etc.
Die innovativen Monarch High Molecular Weight (HMW) DNA Extraction Kits überzeugen mit einem neuartigen Aufreinigungsprinzip:
Wir kombinieren eine schonende 2-Schritt Zell-Lyse mit der Präzipitation der extrahierten DNA an der Oberfläche von 4 mm-großen Glas-Beads. Sie erhalten nach dieser besonders schnellen und sauberen Präparation intakte, große DNA-Fragmente. Durch einfache Protokollanpassungen können Sie die Größe Ihrer aufgereinigten DNA selbst steuern – von der Standardgröße 50-250 kb (entsprechend marktüblicher Silica-Säulchen) bis hin zur XL-DNA im Megabasenbereich.
Dank der glatten Oberfläche der Glas-Beads und der innovativen Präparationstechnik können Sie die aufgereinigte HMW DNA schnell und ohne unerwünschte RNA-Rückstände einfach und mit großer Ausbeute eluieren. Die gewonnene DNA ist perfekt geeignet für alle Long Read Sequencing Anwendungen sowie de novo Assembly, Genome Mapping oder Optical Mapping.
Für “Standard” gDNA Präparationen (Fragmentlängen <60 kb) empfehlen wir Ihnen das Monarch Genomic DNA Purification Kit für noch schnellere und einfachere Workflows.
Wie bei allen Monarch Kits wurde auch bei der Entwicklung der HMW Kits besonders auf minimalen Umwelteinfluss geachtet.
Wir erreichen dies durch den Einsatz besonders dünnwandiger Säulchen und Flaschen. So reduzieren wir den Einsatz von Kunststoff und damit das Müllaufkommen im Labor. Zudem sind alle Komponenten der Verpackung aus recyceltem Material hergestellt.
- Extrem schnell & anwendungsfreundlich – dank innovativer Glas-Bead Technik und geringer Hands-On Time
- Flexibel & anpassbar – Fragmentgrößen vom Standardbereich (50-250 kb) bis zum XL Megabasenbereich durch einfache Anpassungen im Protokoll steuerbar
- Reproduzierbar & sauber – Geringste RNA-Kontaminationen oder Proteinrückstände
- Eluate höchster Qualität – Isolation von HMW DNA mit DIN >9,5 aus verschiedenem Probenmaterial für ausgezeichnete Performance in Long Read Sequencing Anwendungen
- Nachhaltigkeit im Labor – die recycling-fähige, umweltfreundliche Verpackung und extra dünnwandige Säulchen reduzieren den Plastik-Footprint.
Und das sagen unsere Kunden:
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„Ich habe so viele Kits und Protokolle für HMW DNA ausprobiert und dieses ist mit Abstand das Beste (und Schnellste!) - ich bin wirklich begeistert!“ Mitarbeiterin Uniklinik Düsseldorf, Humangenetik |
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„Für geschlossene Genome mittels MinION Sequenzierung ist die Extraktion von langen genomischen DNA Fragmenten essentiell. Das NEB Kit überzeugt in diesem Bereich, wobei das einfache und vergleichsweise schnelle Protokoll weitere Pluspunkte sind“ Mitarbeiter Med. Uni. Graz, Forschungsinstitut für Hygiene, Mikrobiologie und Umweltmedizin |
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Lesen Sie in der spannenden TechNote, die wir zusammen mit The Jackson Laboratory geschrieben haben, wie die Monarch HMW Kits bei der Untersuchung von genomischen Loci in Mäusen vor Cas9 targeted Sequencing geholfen haben:
Vergleich verschiedener HMW DNA Extraktionsmethoden:
Ein einfacher & schneller Workflow für hochqualitative, hochmolekulare DNA:
Innovativ und einfach: So präparieren Sie HMW DNA mit dem Monarch HMW DNA Extraction Kits.
Flexibel an die benötigten Fragmentgrößen anpassbarer Workflow:
Die große Oberfläche der Glas-Beads und die vollständige Inaktivierung von Nukleasen ermöglicht die Isolation von XL DNA-Fragmenten. Eine einfache Anpassung der Thermomixer-Geschwindigkeit führt zu einer Änderung der Scherkräfte während der Zelllyse. Durch diesen simplen „Trick“ steuern Sie zuverlässig die Fragmentgröße der isolierten DNA.
Über die Thermomixer-Geschwindigkeit während der Lyse steuern Sie die gewünschte Fragmentgröße der extrahierten HWM gDNA aus Zellen und Blut:
HMW DNA wurde aus je zwei Duplikaten von 1×106 HEK293 Zellen und 500 µl frischem humanem Blut isoliert. Während der Zell-Lyse wurden die Proben bei den aufgeführten Geschwindigkeiten im Thermomixer inkubiert, um die Fragmentierung der DNA zu steuern. Identische DNA-Mengen der jeweiligen Replikate (Zellen: 500 ng; Blut: 650 ng) wurden per PFGE (1 % Agarose-Gel, 6 V/cm, 13°C für 20 h, Umpolzeiten von 0.5-94 sec; BioRad CHEF-DR III System) aufgetrennt. Die Ausbeute, Reinheit und DINs der individuellen Isolationen sind in der Tabelle dargestellt. Als Größenstandards wurden die Lambda PFG Ladder und Lambda DNA-Hind III Digest (NEB #N0341 und #N3012) verwendet.
Reproduzierbare und saubere Isolation aus verschiedenem Probenmaterial:
Die innovativen Glas-Beads im Monarch High Molecular Weight DNA Extraction Kit führen zu weniger Scherkräften, und durch den effizienten RNA-Verdau ist die gewonnene gDNA quasi RNA-frei. Das Kit unterstützt die Extraktion aus verschiedensten Probenmaterialien, wie z.B. Zellkultur, Blut, Gewebe, Bakterien und vielen anderen Zelltypen.
Reproduzierbare und saubere Isolation von HMW DNA aus unterschiedlichem Probenmaterial:
HMW DNA wurde mit dem Monarch HMW DNA Extraction Kit for Tissue aus 10 mg gefrorener Rattenniere, 10 mg frischer Mäuseleber, 20 mg gefrorenem Mäusehirn, 20 mg frischen Mäusemuskelzellen, 2×109 gefrorenen E. coli Zellen, 2×108 gefrorenen B. cereus Zellen, 4 mg frischem X. laevis, 3,8×108 frischen S. cerevisiae Zellen und 15 mg gefrorenen A. aegypti isoliert. Die Isolationen wurden nach den Spezifikationen der Kit-Hersteller bei Thermomixer-Geschwindigkeiten von 2000 rpm durchgeführt. Für die S. cerevisiae Isolation wurde der Workflow modifiziert. 500 ng von jeder Probe wurden per PFGE (1 % Agarose-Gel, 6 V/cm, 13°C für 20 h, Umpolzeiten von 0.5-94 sec; BioRad CHEF-DR III System) aufgetrennt. Die Ausbeute und Reinheit der individuellen Isolationen sind in der Tabelle dargestellt. Als Größenstandards wurden die Lambda PFG Ladder (NEB #N0341) verwendet.
Exzellente Ergebnisse und ausgezeichnete Performance in Long Read Sequencing Anwendungen:
Durch die optimierte Pufferchemie und die Verwendung von Glas-Beads wird die komplette DNA in der Probe gebunden und auch wieder eluiert.
Das Monarch HMW DNA Extraction Kit erzeugt hochmolekulare DNA mit exzellenten Ausbeuten, Reinheiten und großen Fragmentgrößen:
HWM DNA wurde mit den in der Legende beschriebenen Kits aus jeweils 1×106 HEK293 Zellen und frischem, humanem Blut isoliert. Die Blutmengen wurde anhand des Herstellerprotokolls gewählt (N: 500 µl; C: 200 µl; R: 500 µl; Q: 200 µl; P: 300 µl; Z: 200 µl). Die Proben, die mit dem Monarch Kit isoliert wurden (Spur 1-2) wurden mit maximaler Thermomixer-Geschwindigkeit behandelt. Die Unterschiede in der Fragmentgröße der DNA zwischen dem Monarch Kit und dem Circulomics Kit bei der Verwendung des Standardprotokolls (Spur 1-2 und 3-4) resultieren aus den unterschiedlichen Thermomixer-Geschwindigkeiten (Monarch: 2000 rpm, Circulomics: 900 rpm). Alle Datensätze sind jeweils Duplikate. Die Standardprotokolle für Blut oder Zellen wurden verwendet. Qiagen bietet kein Protokoll für die gDNA-Isolation aus Zellkultur an, daher wurde eine modifizierte Version des Protokolls für Blutproben verwendet. Die Proben wurden in jeweils 100 µl eluiert; mit Ausnahme der Proben, die mit dem Zymo-Kit behandelt wurden. Diese wurden gemäß der Herstellerempfehlung in 50 µl eluiert. Die Ausbeute und Reinheit der Proben wurden mit einem Trinean Dropsense 16 Spektrophotometer (now Unchained Labs Lunatic) analysiert. Die Ausbeuten der Blutproben wurden auf 100 µl normalisiert. Der RNA-Gehalt wurde per HPLC Analyse bestimmt, indem der Nucleosid-Gehalt der Proben nach Verdau von 1 µg eluierter DNA mit dem Nucleoside Digestion Mix (NEB #M0649) gemessen wurde. Die optionale Verwendung von RNase wurde bei der Isolation mit dem Zymo-Kit durchgeführt.
Die DNA, die für die Sequenzbibliotheken benötigt wurde, wurde anhand der folgenden Standardprotokolle für Zellkultur und frische Säugetierblutproben ohne weitere Größenselektion isoliert. Mäusenieren DNA Proben wurden aus frischen Proben extrahiert, wobei ein Homogenisator zur Probenhomogenisierung verwendet wurde.
Sequenzbibliotheken wurden mithilfe des LSK109 Ligations-Sequenzierkits erstellt und auf eine FLO-MIN106D Flow Cell geladen. Die Sequenzierung wurde auf einem GridION® Gerät für 48 h oder kürzer, wenn durch die Flow Cell keine weiteren Daten produziert wurden, durchgeführt. Es wurden keine zusätzlichen Schritte mit der Flow Cell (z.B. Spülung) vorgenommen. Bei den Proben, die mehr als 10 Gb an Daten erzeugten, wurden 800-1000 ng der DNA-Bibliothek auf die Flow Cell geladen, um eine optimale Sequenzierleistung und eine effiziente Porenausnutzung zu erzielen. Die Leselängen sind, sofern nicht anders vermerkt, in Basen angegeben.
Erhältliche Monarch HMW DNA Extraction Kits und Zubehör:
| PRODUKT | Art.Nr.: | GRÖSSE | INFO | |
|---|---|---|---|---|
| Monarch HMW DNA Extraction Kit for Cells & Blood | T3050S | 5 preps |  |
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| Monarch HMW DNA Extraction Kit for Cells & Blood | T3050L | 50 preps | |
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| Monarch HMW DNA Extraction Kit for Tissue | T3060S | 5 preps | |
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| Monarch HMW DNA Extraction Kit for Tissue | T3060L | 50 preps | |
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| Monarch Pestle Set | T3000L | 100 pieces | |
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| Monarch 2 ml Tubes | T3003L | 100 pieces | |
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| Monarch DNA Capture Beads | T3005L | 200 pieces | |
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| Monarch Bead Retainers | T3004L | 100 pieces | |
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| Monarch gDNA Nuclei Prep & Lysis Buffer Pack | T3054L | 1 pack | |
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| Monarch RBC Lysis Buffer | T3051L | 160 ml | |
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| Monarch gDNA Wash Buffer | T3015L | 60 ml | |
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| Monarch gDNA Elution Buffer II | T3056L | 24 ml | |
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| Monarch HMW gDNA Tissue Lysis Buffer | T3061L | 62 ml | |
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| Monarch Protein Separation Solution | T3062L | 36 ml | |
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| Monarch Precipitation Enhancer | T3055L | 10 ml | |
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Stand: 04.01.2024
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