NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep

Mit dem NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit generieren Sie hochwertige „full-length“ RNA-Sequenzdaten aus dem Transkriptom von Einzelzellen (oder 2 pg bis 200 ng Total-RNA). Eine optimale cDNA Synthese und Ampli-fikation erhalten Sie durch die beiliegenden „template switching oligos“ in Verbindung mit unseren optimierten Reagenzien und dem neuartigen Protokoll.

Sie profitieren neben den hohen cDNA Erträgen insbesondere durch eine gleichmäßige und repräsentative Verteilung von „low-abundance“ Transkripten. Ihre Sequenzier-Library erstellen Sie in einem nachgeschalteten Schritt mit unserem zuverlässigen Ultra II FS enzymatic DNA fragmentation/end repair/dA-tailing mix. Hierbei wird die cDNA zeitgleich enzymatisch fragmentiert und für den Ligationsschritt in der Library Prep vorbereitet.

NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep workflow

Ihre Vorteile:

  • Hochqualitative „full-length transcript sequencing libraries“ aus der RNA einzelner Zellen (oder 2 pg – 200 ng Total-RNA) Repräsentative Verteilung der RNA-Transkripte, sogar bei „low abundance transcripts“
  • Uniforme Coverage mit „full-length“ Transkripten, unabhängig von der eingesetzten RNA-Menge, GC-Gehalt oder Quelle
  • Für Primärzellen, Zellen in Kultur oder Gesamt-RNA-Präparationen
  • Schneller, praktischer Workflow mit nur wenigen Pipettier- & Inkubationsschritten:
    • Single-Tube Protokoll von der Zelllyse bis zur cDNA
    • Enzymatische DNA Fragmentierung, end-repair und d(A)-tailing in einem einzigen Schritt
  • Auch erhältlich als cDNA Synthesis & Amplification Modul (ohne Library Prep)

Erzielen Sie höhere Ausbeuten mit dem NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit

Sequenzierbibliotheken wurden aus HeLa, Jurkat und M1 Einzelzellen oder 10 pg Universal Human Reference (UHR) RNA (Agilent® #740000) mit empfohlenen Mengen an ERCC RNA Spike-In Mix I (Thermo Fisher Scientific® #4456740) generiert. Es wurde das NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit oder das SMART-Seq v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing (Clontech® # 634891) in Kombination mit Nextera XT DNA Library Prep Kit (Illumina® #FC-131-1096) verwendet. Für den NEBNext-Workflow wurden ~80% der cDNA als Input für die Herstellung verwendet und die Bibliotheken mit 8 PCR-Zyklen amplifiziert. Für den SMART-Seq v4/Nextera XT-Workflow wurden, wie empfohlen, 125 pg cDNA als Input für die Library Prep und 12 PCR-Zyklen für die Amplifikation verwendet. Fehlerbalken zeigen die Standardabweichung für 6-11 Wiederholungen.

Das NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit detektiert mehr seltene Transkripte

Sequenzierbibliotheken wurden mit dem NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit oder dem SMART-Seq v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing (Clontech® # 634891) in Kombination mit Nextera XT DNA Library Prep Kit (Illumina® #FC-131-1096) erstellt. Die Bibliotheken wurden auf einem Illumina NextSeq® 500 im Paired-end-Modus (2×76 bp) sequenziert. TPM = Transkripte pro Kilobase pro Million. Jeder Punkt steht für die Anzahl der Transkripte, die im angegebenen TPM-Bereich identifiziert wurden, und jedes Kästchen steht für den Median, das erste und das dritte Quartil pro Replikat. Die Reads aller GENCODE v25 Transkripte wurden mit Salmon 0.6 gemappt und quantifiziert. Panels zeigen die Anzahl der gefundenen Transkripte innerhalb der folgenden TPM-Bereiche an: 1-5, 5-10, 10-50 und >50 TPM. Vor allem seltene Transkripte sind in NEBNext-Bibliotheken deutlich besser repräsentiert.

Das NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit bietet eine einheitliche Abdeckung über die gesamte Länge der Transkripte

Sequenzierbibliotheken wurden aus HeLa, Jurkat und M1 Einzelzellen oder 10 pg Universal Human Reference (UHR) RNA (Agilent® #740000) mit empfohlenen Mengen an ERCC RNA Spike-In Mix I (Thermo Fisher Scientific® #4456740) generiert. Es wurde das NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit oder das SMART-Seq v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing (Clontech® # 634891) in Kombination mit Nextera XT DNA Library Prep Kit (Illumina® #FC-131-1096) verwendet. Die Bibliotheken wurden auf einem Illumina NextSeq® 500 im Paired-end-Modus (2×76 bp) sequenziert. Die gezeigte Transkriptabdeckung ist ein Durchschnitt von vier Replikaten und wurde mit Picard-Tools berechnet. Die globale Darstellung der 5´ bis 3´ Abdeckung der RefSeq Transkripte zeigt sowohl Konsistenz über verschiedene Probentypen als auch Einheitlichkeit über die Transkriptlänge in den NEBNext Bibliotheken.

Produkttabelle

PRODUKT Art. # GRÖSSE PREIS
NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit for Illumina E6420S 24 rxns 1.195 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E6420L 96 rxns 3.965 €
NEBNext Single Cell/ Low Input cDNA Synthesis & Amplification Module E6421S 24 rxns 650 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E6421L 96 rxns 2.210 €
NEBNext Multiplex Oligos for Illumina

(Index Primers Set 1, 2, 3, 4)

E7335S/L, E7500S/L, E7710S/L, E7730S/L 24 / 96 rxns 106 € / 384 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Index Primers) E6609S 96 rxns 680 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E6609L 384 rxns 2.720 €
NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Dual Index Primers Set 1, 2) E7600S, E7780S 96 rxns 461 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs) E6440S/L 96 / 384 rxns 535 € / 1.925 € In den Shop wechseln Produktinformationen

Stand: 19.06.2018

NEBNext Produkte erhalten Sie zum dauerhaften Niedrigpreis, der nicht weiter rabattiert werden kann.


Weiterführende Informationen finden Sie unter Technische Ressourcen oder auf neb.com. Informationen zu Namensrechten finden Sie hier.