6 Tipps für eine perfekte Gelextraktion

6 Tipps für eine perfekte Gelextraktion

Sind Sie bereit für die perfekte Gelextraktion?

Mit den folgenden 6 Tipps erhalten Sie die wichtigsten Informationen für die Isolierung von DNA aus Agarosegelen, damit Ihre Gelextraktion zum Erfolg wird und Ihnen die bestmöglichen Ergebnisse liefert.

Lesen Sie auch die „Do’s & Don’ts der DNA-Aufreinigung“.

Monarch DNA Gelextraktion
Agarosegel vollständig auflösen

1: Lösen Sie das Gelstück vollständig auf!

Der häufigste Grund für niedrige Ausbeuten bei der Gelextraktion ist eine unvollständige Lyse der Agarosegelstücke. Dann verbleibt die DNA in den Gelresten und kann nicht extrahiert werden.

2: Kurze UV-Belichtung

Schneiden Sie die DNA so schnell wie möglich aus dem Gel aus, um unnötige Schäden durch UV-Licht zu vermeiden.

DNA wird unter UV-Licht aus dem Agarose-Gel geschnitten

3: Gelstücke so klein wie möglich ausschneiden

Hierfür gibt es gleich mehrere Gründe: Je geringer die Agarosemenge in der Lösung, desto besser wird die DNA-Ausbeute. Größere Agarosestücke lösen sich langsamer auf und benötigen mehr Lysepuffer, sodass Sie im Anschluss auch mehr Salze und andere Komponenten des Lysepuffers wieder entfernen müssen. Außerdem benötigen Sie bei Gelstücken >160 mg so viel Lysepuffer, dass das Säulenreservoir (800 µl) überschritten wird und Sie mehrere Zentrifugationsschritte für die Beladung der Säule benötigen.

4: Ethanolreste im Eluat vermeiden

Ethanol ist Bestandteil des Waschpuffers, soll aber nicht ins Eluat gelangen, damit nachfolgende Reaktionen nicht beeinträchtigt werden. Zentrifugensäulchen vieler Hersteller enthalten Fritten, die kleine Puffertröpfchen zurückhalten und somit Waschpuffer ins Eluat verschleppen können. Da wir in den Monarch Säulen keine Fritten verbauen, vermeiden Sie Pufferverschleppung und Ethanol im Eluat.
Sollte die Spitze der Säule nach Zentrifugation mit dem Waschpuffer in Kontakt gekommen sein, zentrifugieren Sie die Säulen einfach erneut kurz ab, um Pufferreste zu entfernen.

5: Warmer Elutionspuffer verbessert die Ausbeute

Erwärmen Sie den Elutionspuffer auf 50°C, bevor Sie ihn auf die Säule geben. So können Sie die Ausbeute erhöhen, vor allem bei großen Fragmenten >10 kb.

6: Verwenden Sie die richtige Menge Lysepuffer

Bei den NEB Monarch Kits geben Sie die vierfache Menge Lysepuffer (Dissolving Buffer) zum Gelstück. Protokolle anderer Hersteller unterscheiden sich in diesem Protokollschritt – achten Sie also bei Verwendung von Monarch also auf die empfohlene Puffermenge.

Lösepuffer DNA-Extraktion

Tipps für die Verwendung des NEB Monarch DNA Gel Extraction Kit

Protokoll Gelextraktion mit NEB Monarch DNA Gel Extraction Kit

Protokoll DNA-Gelextraktion

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Protokoll DNA Gelextraktion

Weiterführende Informationen finden Sie unter Technische Ressourcen oder auf neb.com. Informationen zu Namensrechten finden Sie hier.