Covid

NEBNext ARTIC Kits für SARS-CoV-2 Sequencing

Die NEBNext ARTIC Kits ermöglichen Ihnen die zuverlässige, genaue und schnelle Sequenzierung von SARS-CoV-2 sowohl auf Illumina-Plattformen als auch mit Oxford Nanopore Technologie.
Die Kits basieren auf dem ARTIC-Ansatz für Amplikon-basierte whole viral genome-Sequenzierung und wurden in Zusammenarbeit mit den Wissenschaftlern des ARTIC-Netzwerks entwickelt. Die Kits enthalten einen ausbalancierten Primer-Pool, der eine gleichmäßige Abdeckung des Genoms gewährleistet und für 10 – 10.000 SARS-CoV-2 Genomkopien ausgelegt ist. Alle Reagenzien und Protokollschritte von der RT-PCR bis zur Library Prep sind speziell für den SARS-CoV-2 ARTIC Workflow optimiert.

Verbesserte Sequenzabdeckung bei Virusvarianten und Express-Protokolle

Seit September 2021 erhalten Sie zusätzlich zum „ARTIC V3“ Primer Set ein neues kostenfreies Primer Set „VarSkip Short“, das eine verbesserte Sequenzabdeckung bei SARS-CoV-2-Varianten ermöglicht (nicht zutreffend bei #E7650).

Die VarSkip (für Variant Skip) Short Primer wurden von NEB entwickelt, um die Auswirkungen der SARS-CoV-2-Varianten auf die Amplifikation zu reduzieren und eine verbesserte Leistung zu erzielen – auch bei der Omicron- und Delta-Variante. Die Omicron-Variante kann mit den NEBNext VarSkip Short (VSS)-Primern sicher nachgewiesen werden. Bitte beachten Sie, dass es zwei Dropouts gibt (Amplikons 56 und 67) und zwei Amplikons (20 und 64) eine geringere Abdeckung aufweisen. Die Herstellung von 2 Bibliotheken, d.h. eine mit ARTIC V3 und eine mit VSS Primern, führt zu einer nahezu vollständigen Abdeckung des Genoms!

Bei der Delta-Variante wird bereits mit den VSS Primern alleine eine vollständige Genomabdeckung erzielt.

Weitere Informationen finden Sie hier:

https://primer-monitor.neb.com/lineages

Die Express-Protokolle erlauben außerdem eine Verschlankung der Workflows (siehe Abbildung rechts), da zwei Aufreinigungsschritte dabei ausgelassen werden können. So sparen Sie nicht nur Zeit sondern auch wertvolle Plastikware wie Spitzen und Tubes etc.

Die beiden für Illumina-Sequenzierung geeigneten Kits erzeugen Library-Inserts von ~150 bp (Leselänge: 2x 75 bp) oder ~400 bp (Leselänge: 2x 250 bp) und enthalten eine neue Formulierung der DNA-Polymerase, die aufwändiges Normalisieren der Amplikon-Konzentration vor der Library Prep überflüssig macht.

Ihre Vorteile:
  • Schneller 1-Tages-Workflow für Illumina oder ONT mit <30 min Hands-on Zeit
  • Exzellente Daten: Verbesserte SARS-CoV-2 Genomabdeckung auch bei sehr unterschiedliche Input-Mengen (10 – 10.000 Kopien)
  • Praktisch: Ein RT-Protokoll für alle RNA-Input-Mengen (alle Kits); keine aufwändige Amplikon-Normalisierung erforderlich (Illumina-kompatible Kits)

So einfach und schlank ist der NEBNext ARTIC Workflow (mit ARTIC V3 Primer Set oder VarSkip Short Primer Set)

ARTIC Workflow VarSkip Short

Zum Vergrößern der Abbildung bitte klicken.

NEBNext ARTIC Kit Options:

NEBNext_ARTIC_KitTypes

NEBNext ARTIC Kit Workflow:

ARTIC Workflow

Seit September 2021 sind außerdem neue Express-Protokolle verfügbar – Sie sparen damit zwei Aufreinigungsschritte nach ARTIC-Pooling sowie nach Adaptor-Ligation. Alle Details finden Sie auf den entsprechenden Produktseiten.

NEBNext ARTIC Kit Genome Coverage:

ARTIC Genome Coverage

Darstellung der Leseabdeckung des SARS-CoV-2-Genoms im Integrative Genome Viewer. Die Verwendung der NEBNext Reagenzien, Primer und Protokolle ermöglicht eine gleichmäßige und vollständige Genomabdeckung. Detaillierte experimentelle Daten finden Sie unter www.neb.com/E7660

Verbesserte Coverage bei Virusvarianten mit dem neuen kostenfreien VarSkip Short Primer Set

Vergleich der Sequenzabdeckung bei der Seqeunzierung der SARS-CoV-2 Delta-Variante (B1.617.2) mit dem ARTIC V3 Primer Set im Vergleich zum neuen VarSkip Short Primer Set. Detaillierte experimentelle Daten finden Sie unter www.neb.com/E7658

„Seit Februar 2021 wird am Niedersächsischen Landesgesundheitsamt das NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Library Prep Kit für die Sequenzierung von SARS-CoV-2-Proben auf Illumina-Sequencern verwendet. Dabei überzeugten sofort die einfache Handhabung und unkomplizierte Integration in die vorherrschenden Laborabläufe, aber auch die sehr gute Genomabdeckung bei hohen Ct-Werten (>25). Mit dem Aufkommen der Delta-Variante kam es jedoch zu Genomabschnitten, welche mit dem bislang verwendeten Primermix nicht mehr abgedeckt wurden. Durch den unkomplizierten Wechsel auf das NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit sowie die neu entwickelten VarSkip-Primer konnte dieses Problem zügig behoben und wieder eine hervorragende Genomabdeckung von 99,7% bei einem Ct-Wert von bis zu 31 erreicht werden, was insbesondere bei der Untersuchung von Impfdurchbrüchen und der Diagnostik der neuen AY-Varianten eine große Unterstützung darstellt.“

Dr. Richard Egelkamp, Niedersächsisches Landesgesundheitsamt (NLGA)

„We have been impressed by the great performance of the NEBNext ARTIC FS kit in our sequencing of human samples containing SARS-CoV-2 RNA. With this kit we have been successfully processing samples of varying quality and quantity and have been amazed by its sensitivity and remarkable uniformity of the viral genome coverage. The quick turnaround time of the robust workflow has been truly beneficial for us.“

Dr. Vladimir Benes, Head of GeneCore EMBL Heidelberg, Early-Access-User

„Liebes NEB Team, das NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit gewährleistet eine rasche, präzise und zuverlässige Bestimmung des SARS CoV2 Gesamt-Genoms. Aufgrund seiner einfachen Handhabung ermöglicht das NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit eine rasche Integration in den Routine NGS Workflow. Darüber hinaus funktioniert das KIT auch noch bei schwierigen klinischen Proben (ct>30) einwandfrei. Ich würde das NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit zu 100% weiterempfehlen.“

Samuel Huter, Pathologie-Labor Zams, Österreich

„Kurz gesagt, ich bin begeistert! Die Coverages sind trotz Poolings extrem homogen zwischen den verschiedenen ct-values. Dies erleichtert die Prep ungemein und spart eine Menge Zeit.“

Lars Steinbrück, Virologie, Medizinische Hochschule Hannover

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Produkttabelle

PRODUKT Art.Nr.: GRÖSSE PREIS
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit (Illumina) – inkl. VarSkip Short Primer E7658S 24 rnx 408 € NEB Shop_icon NEB Info_icon
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS Library Prep Kit (Illumina) – inkl. VarSkip Short Primer E7658L 96 rnx 1632 € NEB Shop_icon NEB Info_icon
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Companion Kit (Oxford Nanopore Technologies) – inkl. VarSkip Short Primer E7660S 24 rnx 192 € NEB Shop_icon NEB Info_icon
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Companion Kit (Oxford Nanopore Technologies) – inkl. VarSkip Short Primer E7660L 96 rnx 768 € NEB Shop_icon NEB Info_icon
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR Module – inkl. VarSkip Short Primer E7626S 24 rnx 78 € NEB Shop_icon NEB Info_icon
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR Module – inkl. VarSkip Short Primer E7626L 96 rnx 310 € NEB Shop_icon NEB Info_icon
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Library Prep Kit (Illumina) E7650S 24 rnx 384 € NEB Shop_icon NEB Info_icon
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Library Prep Kit (Illumina) E7650L 96 rnx 1536 € NEB Shop_icon NEB Info_icon

Stand: 01.01.2022

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