NEBNext RNA Depletion

RNA Depletion – mehr relevante Reads aus Ihrem Input-Material

Entfernen Sie zuverlässig unerwünschte RNA Spezies aus Ihren NGS-Proben

Typische RNA-Präparationen bestehen zum größten Teil aus ribosomaler RNA, während andere RNAs, z.B. mRNAs deutlich seltener vorkommen. In NGS-RNA-Seq Ansätzen ist dieses extrem hinderlich, sequenziert man doch zu >90% nichtinteressierende rRNAs. Eine aussagekräftige Transkriptom-Analyse z.B. ist daher mit unnötig hohen Sequenzierkosten verbunden, soll die Masse der rRNAs nicht die Daten der seltenen, interessierenden RNAs überdecken.

Zur Lösung dieses Problems bietet NEB die NEBNext RNA Depletion Kits an:

Mit den NEBNext rRNA Depletion Kits entfernen Sie zuverlässig >97% aller unerwünschten ribosomalen RNAs (rRNA) nach der anerkannten enzymatischen RNase H-Methode: Hier hybridisieren hochspezifisch spezielle Köder-DNA-Oligos mit den unerwünschten RNA-Molekülen. Die RNase H verdaut anschließend das RNA/DNA-Hybrid.

Das Besondere an den NEBNext Kits: die Köder-DNA-Oligos des Kits decken die rRNA Sequenzen vollständig ab, nicht nur Teilbereiche!
Ihr Vorteil: Auch bei fragmentierten rRNA Molekülen hybridisieren die Köder-DNA-Sonden, und die rRNA Fragmente werden anschließend RNase H verdaut!
Daher können Sie die Next-Gen-Seq-validierten NEBNext rRNA Depletion Kits erfolgreich und zuverlässig selbst an qualitativ schlechten Gesamt-RNA-Proben (wie z.B. fragmentierte RNAs oder RNA aus FFPE-Material) ab einer RIN >1 einsetzen!

Sowohl nichtkodierende, regulatorische RNA als auch fragmentierte mRNA bleiben dabei in der Probe erhalten und erlauben Ihnen somit einen unverfälschten Blick auf das Transkriptom.

Mit den NEBNext rRNA Depletion Kits benötigen Sie in der Regel Ausgangsmengen von 10 ng bis 1 µg Gesamt-RNA bei weniger als 10 min reiner Arbeitszeit (Protokolldauer nur 2 Stunden).

NEBNext rRNA Depletion Kit Workflow
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NEB_NEBNext rRNA Depletion Workflow
Ihre Vorteile:
  • Geeignet für RNA niedriger oder hoher Qualität (bereits ab RIN >1)
  • 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
  • Mehr relevante Reads durch Entfernung von > 98% rRNA
  • Vollständiges Transkriptom inklusive nichtkodierender und fragmentierter RNA
  • Einfache Anwendung und kompatibel mit jedem anschließenden cDNA Synthese Protokoll.
  • Schneller Arbeitsablauf: 2 Stunden, mit weniger als 10 min Hands-On-Zeit
  • Optional mit RNA Sample Purification Beads erhältlich
  • Bereits automatisiert auf verschiedenen Plattformen

Application Note:
Selective depletion of abundant RNAs to enable transcriptome analysis of low-input and highly-degraded RNA from FFPE breast cancer samples

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Unsere aktuellen NEBNext RNA Depletion Produkte

NEBNext rRNA Depletion Kit (Human /mouse/rat) Version 2 (v2)

Mit den NEBNext rRNA Depletion Kit v2 entfernen Sie zuverlässig unerwünschte ribosomale RNA, d.h. zytoplasmatische (5S, 5.8S, 18S, 28S, humane ITS, ETS) und mitochondriale (12S and 16S) rRNA, nach der anerkannten enzymatischen RNaseH-Methode. Das Next-Gen-Seq-validierte Kit ist geeignet für Gesamt-RNA Präparationen, aber auch besonders gut einsetzbar für degradierte oder FFPE-RNA-Proben.

Ihre Vorteile:
  • Neu in Version 2: Sie entfernen auch ITS- und ETS-Fragmente der unerwünschten rRNA
  • Geeignet für Proben aus Mensch, Maus und Ratte.
  • Geeignet für RNA niedriger oder hoher Qualität (bereits ab RIN >1)
  • 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
  • Schneller Arbeitsablauf: 2 Stunden, mit weniger als 10 min Hands-On-Zeit

The NEBNext rRNA Depletion Kit v2 enriches for RNAs of interest across a wide range of total RNA inputs in human, mouse and rat

Universal human, mouse and rat reference total RNA (1 µg, 100 ng and 10 ng) was depleted of rRNA using the NEBNext rRNA Depletion Kit v2 (Human/Mouse/Rat). RNA-seq libraries were prepared using NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina followed by paired-end sequencing (2 x 75 bp). 10 Million reads were sampled (seqtk) from each library and reads were identified as ribosomal using mirabait (6 or more shared 25-mers) with rRNA sequences for human baits (5S, 5.8S, 12S, 16S, 18S, 28S, ETS/ITS) or mouse/rat baits (5S, 5.8S, 12S, 16S, 18S, 28S). Levels of rRNA remaining were calculated by dividing matched reads by the total number of reads passing instrument quality filtering. The data represents an average of 3 replicates. The NEBNext rRNA Depletion Kit v2 is efficient at depleting rRNA across species and input amounts.

NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit

Aus Blutproben isolierte Gesamt-RNA enthält neben den für die Analyse relevanten RNA Spezies vor allem rRNA und Globin mRNA. Um die biologische Relevanz seltener vorkommender Transkripte besser analysieren zu können ist es häufig notwendig, diese unerwünschten RNAs möglichst spezifisch und effizient zu entfernen.

Der dem NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) zugrunde liegende RNase H-basierte RNA Depletion Workflow ermöglicht den spezifischen Abbau von Globin mRNA sowie zytoplasmatischer mitochondrialer rRNA. Dabei ist egal, ob die RNA intakt oder degradiert (z.B. FFPE-Material) ist.

Ihre Vorteile:
  • Kompatibel mit Gesamt RNA aus Blutproben
  • Spezifische und effiziente Depletion von Globin mRNA und rRNA
  • Kombinierbar mit poly(A) mRNA Isolation für eine zusätzliche Entfernung nicht-kodierender RNA
  • Geeignet für RNA niedriger oder hoher Qualität (bereits ab RIN >1)
  • 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
  • Schneller Arbeitsablauf: 2 Stunden, mit weniger als 10 min Hands-On-Zeit

Depletion of globin mRNA and ribosomal RNA enriches for RNAs of interest across species

Human, mouse and rat whole blood total RNA (1 µg) was depleted of rRNA alone, or rRNA and globin mRNA transcripts, using the NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit. RNA-seq libraries were prepared from untreated and depleted RNA using the NEBNext Ultra™ II RNA Library Prep Kit for Illumina followed by paired-end sequencing (2 x 75 bp). Reads were identified as rRNA or globin mRNA using mirabait (6 or more, 25-mers), and levels of rRNA and globin mRNA remaining were calculated by dividing matched reads by the total number of reads passing instrument quality filtering.

NEBNext Bacterial rRNA Depletion Kit

Auch in Bakterien ist die große Mehrheit der RNA-Moleküle ribosomale RNA (rRNA). Der NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria) entfernt schnell und zuverlässig unerwünschte rRNA (5S, 16S und 23S) aus grampositiven und gramnegativen Organismen. Das Kit ist sowohl bei intakten als auch bei degradierten RNA-Präparaten, aus Monokulturen oder Proben mit gemischten Bakterienarten (z.B. Metatranscriptomics) einsetzbar.

„The NEB Bacterial Depletion has depleted rRNA equally or better than our previous ribodepletion gold standard across a wide RIN quality range. We have been pleased with the flexibility of Total RNA input ranges and have routinely gotten effective ribodepletion at 100 ng Total RNA Input in both single isolates and metagenomic samples. The protocol is also more ergonomically friendly than bead based ribodepletion protocols. Of all the new bacterial ribodepletion methods we have tested, NEB was by far the best.“

Research Assistant, Biomedical research institution

Ihre Vorteile:
  • Spezifische und effiziente Depletion bakterieller rRNA
  • Geeignet für grampositive und gramnegative Spezies
  • Kompatibel mit Mono- und Mischkulturen (``Metatranscriptomics``)
  • Geeignet für RNA niedriger oder hoher Qualität (bereits ab RIN >1)
  • 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
  • Schneller Arbeitsablauf: 2 Stunden, mit weniger als 10 min Hands-On-Zeit

Depletion of ribosomal RNA with NEBNext enriches for RNAs of interest across monoculture species

Total RNA (100 ng) from Escherichia coli and Clostridum phytofermentans was depleted of rRNA using the NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria). RNA-seq libraries were prepared from untreated and depleted RNA using the NEBNext Ultra™ II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina, followed by paired-end sequencing (2 x 75 bp). Reads were aligned to each reference genome (Hisat2), duplicate marked (Picard) and assessed for transcript levels (ht-seq count). Levels of rRNA remaining were calculated by dividing matched reads by the total number of reads passing instrument quality filtering. Effective depletion of sequences overlapping with annotated rRNA regions was observed for all species. 

Custom RNA Depletion mit dem NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set (mit oder ohne Sample Purification Beads) – für alle Spezies oder RNAs geeignet!

Sie arbeiten mit einem Modellorganismus den unsere rRNA Depletion Kits nicht abdecken?

Sie möchten ganz spezielle RNAs wie mitochondriale RNAs oder mRNAs aus Ihren Sequenzier-Libraries ausschließen?

Dann ist das NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set with RNA Sample Purification Beads (auch ohne Aufreinigungsbeads erhältlich) für Sie genau das Richtige! Denn mit dem NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set erhalten Sie alle notwendigen Reagenzien für eine spezifische Depletion mittels der bewährten NEBNext RNase H Methode.

Schritt 1: Die notwendigen Köder-DNA-Oligos (Baits) generieren Sie mit unserem proprietären NEBNext Custom RNA Depletion Design Tool

Schritt 2: Bestellen Sie die entsprechenden Baits beim Oligo-Lieferanten Ihrer Wahl

Schritt 3: Nutzen Sie diesen Bait-Pool zusammen mit dem NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set with RNA Sample Purification Beads.

So entfernen Sie unerwünschte RNAs jeder Couleur oder Spezies schnell, spezifisch und zuverlässig aus Ihrer RNA-Probe. Praktischer geht’s nicht!

Ihre Vorteile:
  • Individuell anpassbare RNA-Depletion aus jedem Organismus mittels eigener Sonden
  • Einfaches Sonden-Design mit dem NEBNext Custom RNA Depletion Design Tool
  • Geeignet für RNA niedriger oder hoher Qualität (bereits ab RIN >1)
  • 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
  • Schneller Arbeitsablauf: 2 Stunden, mit weniger als 10 min Hands-On-Zeit

Zuverlässige Depletion von unerwünschter rRNA an Proben unterschiedlicher Spezies.

Erhältliche RNA Depletion Kits:

PRODUKT Art. # GRÖSSE PREIS
NEBNext® RNA Depletion Core Reagent Set e7865S 6 rxns 254 € In den Shop wechseln Produktinformationen
e7865L 24 rxns 924 € In den Shop wechseln Produktinformationen
e7865X 96 rxns 3.326 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® RNA Depletion Core Reagent Set with Beads e7870S 6 rxns 262 € In den Shop wechseln Produktinformationen
e7870L 24 rxns 963 € In den Shop wechseln Produktinformationen
e7870X 96 rxns 3.465 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® rRNA Depletion Kit v2 (Human/Mouse/Rat) E7400S 6 rxns 297 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7400L 24 rxns 1.080 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7400X 96 rxns 3.885 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® rRNA Depletion Kit v2 (Human/Mouse/Rat) with Beads E7405S 6 rxns 305 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7405L 24 rxns 1.125 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7405X 96 rxns 4.050 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) E6310S 6 rxns 330 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E6310L 24 rxns 1.200 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E6310X 96 rxns 4.320 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) with Beads E6350S 6 rxns 360 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E6350L 24 rxns 1.324 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E6350X 96 rxns 4.766 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) E7750S 6 rxns 340 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7750L 24 rxns 1.235 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7750X 96 rxns 4.450 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) with RNA Sample Purification Beads E7755S 6 rxns 350 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7755L 24 rxns 1.290 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7755X 96 rxns 4.635 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® rRNA Depletion Kit (Bacteria) E7850S 6 rxns 297 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7850L 24 rxns 1.080 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7850X 96 rxns 3.885 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® rRNA Depletion Kit (Bacteria) with RNA Sample Beads E7860S 6 rxns 305 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7860L 24 rxns 1.125 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7860X 96 rxns 4.050 € In den Shop wechseln Produktinformationen
Passend dazu:
NEBNext® Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina E7760S 24 rxns 1.028 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7760L 96 rxns 3.495 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina® E7770S 24 rxns 980 In den Shop wechseln Produktinformationen
E7770L 96 rxns 3.325 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module E7490S 24 rxns 67 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7490L 96 rxns 242 € In den Shop wechseln Produktinformationen

Stand: 14.10.2020
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