NEBNext RNA Depletion

NEBNext rRNA & Globin mRNA Depletion Kits

Entfernen Sie zuverlässig unerwünschte RNA Spezies aus Ihren NGS-Proben

Typische RNA-Präparationen bestehen zu mehr als 80% aus ribosomaler RNA, während andere RNAs, z.B. mRNAs deutlich seltener vorkommen. In NGS-RNA-Seq Ansätzen ist dieses extrem hinderlich, sequenziert man doch zu 80% nichtinteressierende rRNAs. Eine aussagekräftige Transcriptom-Analyse z.B. ist daher mit unnötig hohen Sequenzierkosten verbunden, soll die Masse der rRNAs nicht die Daten der seltenen, interessierenden RNAs überdecken.

Zur Lösung dieses Problems bietet NEB die NEBNext RNA Depletion Kits an:

Mit den NEBNext rRNA Depletion Kits entfernen Sie zuverlässig >95% aller unerwünschten ribosomalen RNAs (rRNA) nach der anerkannten enzymatischen RNaseH-Methode: Hier hybridisieren hochspezifisch spezielle Köder-DNA-Oligos mit den unerwünschten RNA-Molekülen. Die RNase H verdaut anschließend das RNA/DNA-Hybrid. Sowohl nichtkodierende, regulatorische RNA als auch fragmentierte mRNA bleiben dabei in der Probe erhalten und erlauben Ihnen somit einen unverfälschten Blick auf das Transkriptom.

Die Next-Gen-Seq-validierten Depletion Kits sind geeignet für Gesamt-RNA Präparationen, aber auch besonders gut einsetzbar für degradierte RNA oder FFPE-RNA-Proben.

Mit den NEBNext rRNA Depletion Kits benötigen Sie in der Regel Ausgangsmengen von 10 ng bis 1 µg Gesamt-RNA bei weniger als 10 min reiner Arbeitszeit (Protokolldauer nur 2 Stunden).

NEBNext rRNA Depletion Kit Workflow
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NEB_NEBNext rRNA Depletion Workflow

Application Note:
Selective depletion of abundant RNAs to enable transcriptome analysis of low-input and highly-degraded RNA from FFPE breast cancer samples

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Unsere aktuellen NEBNext RNA Depletion Produkte

NEBNext rRNA Depletion Kit (Human /mouse/rat)

Mit dem NEBNext rRNA Depletion Kit entfernen Sie zuverlässig >95% aller ribosomaler RNA (rRNA) nach der anerkannten enzymatischen RNaseH-Methode. Das Next-Gen-Seq-validierte Kit ist geeignet für Gesamt-RNA Präparationen, aber auch besonders gut einsetzbar für degradierte oder FFPE-RNA-Proben.

Sowohl nichtkodierende, regulatorische RNA als auch fragmentierte mRNA bleiben dabei in der Probe erhalten und erlauben Ihnen somit einen unverfälschten Blick auf das Transkriptom.

Mit dem NEBNext rRNA Depletion Kit benötigen Sie Ausgangsmengen von 10 ng bis 1 µg Gesamt-RNA bei weniger als 10 min reiner Arbeitszeit (Protokolldauer nur 2 Stunden).

Ihre Vorteile:
  • Geeignet für FFPE (degradierte) oder hochqualitative Proben
  • 10 ng -1 µg Gesamt-RNA Input
  • Sie entfernen über 95% rRNA und erhalten mehr relevante Reads aus Ihrer Probe
  • Sie gewinnen ein vollständigeres Bild des Transkriptoms durch Retention nichtkodierender und fragmentierter RNA, die bei oligo d(T)-basierter poly(A)-mRNA-Anreicherung verloren gehen.
  • Geeignet für Proben aus Mensch, Maus und Ratte.
  • Einfache Anwendung und kompatibel mit jedem anschließenden cDNA Synthese Protokoll.
  • Optional mit RNA Sample Purification Beads erhältlich

Neu: NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit

Aus Blutproben isolierte Gesamt-RNA enthält neben den für die Analyse relevanten RNA Spezies vor allem rRNA und Globin mRNA. Um die biologische Relevanz seltener vorkommender Transkripte besser analysieren zu können ist es häufig notwendig, diese unerwünschten RNAs möglichst spezifisch und effizient zu entfernen.

Der dem NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) zugrunde liegende RNase H-basierte RNA Depletion Workflow ermöglicht den spezifischen Abbau von Globin mRNA sowie zytoplasmatischer mitochondrialer rRNA. Dabei ist egal, ob die RNA intakt oder degradiert (z.B. FFPE-Material) ist.

Ihre Vorteile:
  • Spezifische und effiziente Depletion von Globin mRNA und rRNA
  • Geeignet für intakte und degradierte RNA
  • 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
  • Kombinierbar mit poly(A) mRNA Isolation für eine zusätzliche Entfernung nicht-kodierender RNA
  • Schneller Workflow mit nur 10 Minuten 'hands-on time'
  • Optional mit RNA Sample Purification Beads erhältlich

Neu: NEBNext Bacterial rRNA Depletion Kit

Die große Mehrheit der RNA-Moleküle in Bakterien sind ribosomale RNAs (rRNA), die aufgrund ihrer schieren Anzahl häufig die biologische Bedeutung von selteneren Transkripten überdecken. Daher ist die effiziente und spezifische Entfernung von rRNAs von großem Vorteil.

Der NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria) basiert auf der anerkannten NEBNext RNase H Methode und entfernt schnell und zuverlässig unerwünschte rRNA (5S, 16S und 23S) aus grampositiven und gramnegativen Organismen. Das Kit ist sowohl bei intakten als auch bei degradierten RNA-Präparaten, aus Monokulturen oder Proben mit gemischten Bakterienarten (z.B. Metatranscriptomics) einsetzbar.

Wir bieten Ihnen diese Kit mit und ohne Purification Beads an.

Ihre Vorteile:
  • Spezifische und effiziente Depletion von bakterieller rRNA
  • Geeignet für rRNAs aus grampositiven und gramnegativen Bakterien
  • Geeignet für intakte und degradierte RNA
  • 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
  • Für Monokulturen wie für Mischkulturen verschiedener Bakterienspezies (``Metatranscriptomics``) gleichermaßen geeignet
  • Schneller Workflow mit nur 10 Minuten 'hands-on time'
  • Optional mit RNA Sample Purification Beads erhältlich

„The NEB Bacterial Depletion has depleted rRNA equally or better than our previous ribodepletion gold standard across a wide RIN quality range. We have been pleased with the flexibility of Total RNA input ranges and have routinely gotten effective ribodepletion at 100 ng Total RNA Input in both single isolates and metagenomic samples. The protocol is also more ergonomically friendly than bead based ribodepletion protocols. Of all the new bacterial ribodepletion methods we have tested, NEB was by far the best.“

Research Assistant, Biomedical research institution

Zuverlässige Depletion von unerwünschter rRNA führt zu deutlich mehr interessierenden Sequencing-Daten.

Erhältliche RNA Depletion Kits:

PRODUKT Art. # GRÖSSE PREIS
NEBNext® rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) E6310S 6 rxns 330 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E6310L 24 rxns 1.200 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E6310X 96 rxns 4.320 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) with Beads E6350S 6 rxns 374 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E6350L 24 rxns 1.375 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E6350X 96 rxns 4.950 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) E7750S 6 rxns 340 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7750L 24 rxns 1.235 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7750X 96 rxns 4.450 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) with RNA Sample Purification Beads E7755S 6 rxns 350 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7755L 24 rxns 1.290 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7755X 96 rxns 4.635 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® rRNA Depletion Kit (Bacteria) E7850S 6 rxns 297 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7850L 24 rxns 1.080 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7850X 96 rxns 3.885 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® rRNA Depletion Kit (Bacteria) with RNA Sample Beads E7860S 6 rxns 305 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7860L 24 rxns 1.125 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7860X 96 rxns 4.050 € In den Shop wechseln Produktinformationen
Passend dazu:
NEBNext® Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina E7760S 24 rxns 1.028 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7760L 96 rxns 3.495 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina® E7770S 24 rxns 980 In den Shop wechseln Produktinformationen
E7770L 96 rxns 3.325 € In den Shop wechseln Produktinformationen
NEBNext® Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module E7490S 24 rxns 67 € In den Shop wechseln Produktinformationen
E7490L 96 rxns 242 € In den Shop wechseln Produktinformationen

Stand: 30.10.2019
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