Entfernen Sie zuverlässig unerwünschte RNA Spezies aus Ihren NGS-Proben
Typische RNA-Präparationen bestehen zum größten Teil aus ribosomaler RNA, während andere RNAs, z.B. mRNAs deutlich seltener vorkommen. In NGS-RNA-Seq Ansätzen ist dieses extrem hinderlich, sequenziert man doch zu >90% nichtinteressierende rRNAs. Eine aussagekräftige Transkriptom-Analyse z.B. ist daher mit unnötig hohen Sequenzierkosten verbunden, soll die Masse der rRNAs nicht die Daten der seltenen, interessierenden RNAs überdecken.
Zur Lösung dieses Problems bietet NEB die NEBNext RNA Depletion Kits an:
Mit den NEBNext rRNA Depletion Kits entfernen Sie zuverlässig >97% aller unerwünschten ribosomalen RNAs (rRNA) nach der anerkannten enzymatischen RNase H-Methode: Hier hybridisieren hochspezifisch spezielle Köder-DNA-Oligos mit den unerwünschten RNA-Molekülen. Die RNase H verdaut anschließend das RNA/DNA-Hybrid.
Das Besondere an den NEBNext Kits: die Köder-DNA-Oligos des Kits decken die rRNA Sequenzen vollständig ab, nicht nur Teilbereiche!
Ihr Vorteil: Auch bei fragmentierten rRNA Molekülen hybridisieren die Köder-DNA-Sonden, und die rRNA Fragmente werden anschließend RNase H verdaut!
Daher können Sie die Next-Gen-Seq-validierten NEBNext rRNA Depletion Kits erfolgreich und zuverlässig selbst an qualitativ schlechten Gesamt-RNA-Proben (wie z.B. fragmentierte RNAs oder RNA aus FFPE-Material) ab einer RIN >1 einsetzen!
Sowohl nichtkodierende, regulatorische RNA als auch fragmentierte mRNA bleiben dabei in der Probe erhalten und erlauben Ihnen somit einen unverfälschten Blick auf das Transkriptom.
Mit den NEBNext rRNA Depletion Kits benötigen Sie in der Regel Ausgangsmengen von 10 ng bis 1 µg Gesamt-RNA bei weniger als 10 min reiner Arbeitszeit (Protokolldauer nur 2 Stunden).
NEBNext rRNA Depletion Kit Workflow
Zum Vergrößern bitte klicken
- Geeignet für RNA niedriger oder hoher Qualität (bereits ab RIN >1)
- 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
- Mehr relevante Reads durch Entfernung von > 98% rRNA
- Vollständiges Transkriptom inklusive nichtkodierender und fragmentierter RNA
- Einfache Anwendung und kompatibel mit jedem anschließenden cDNA Synthese Protokoll.
- Schneller Arbeitsablauf: 2 Stunden, mit weniger als 10 min Hands-On-Zeit
- Optional mit RNA Sample Purification Beads erhältlich
- Bereits automatisiert auf verschiedenen Plattformen
Application Note:
Selective depletion of abundant RNAs to enable transcriptome analysis of low-input and highly-degraded RNA from FFPE breast cancer samples
Wählen Sie das richtige Kit entsprechend der Modellorganismen / Anwendungen
Unsere aktuellen NEBNext RNA Depletion Produkte
NEBNext rRNA Depletion Kit (Human /mouse/rat) Version 2 (v2)
Mit den NEBNext rRNA Depletion Kit v2 entfernen Sie zuverlässig unerwünschte ribosomale RNA, d.h. zytoplasmatische (5S, 5.8S, 18S, 28S, humane ITS, ETS) und mitochondriale (12S and 16S) rRNA, nach der anerkannten enzymatischen RNaseH-Methode. Das Next-Gen-Seq-validierte Kit ist geeignet für Gesamt-RNA Präparationen, aber auch besonders gut einsetzbar für degradierte oder FFPE-RNA-Proben.
- Neu in Version 2: Sie entfernen auch ITS- und ETS-Fragmente der unerwünschten rRNA
- Geeignet für Proben aus Mensch, Maus und Ratte.
- Geeignet für RNA niedriger oder hoher Qualität (bereits ab RIN >1)
- 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
- Schneller Arbeitsablauf: 2 Stunden, mit weniger als 10 min Hands-On-Zeit
Und das sagen unsere Kunden:
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„… the NEB kit was the best performing kit that we have tested in our lab!“ Nikhil Bharti (AG Frau Prof. Ignatova), Biochemie, Uni Hamburg |
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Das NEBNext rRNA Depletion Kit v2 ermöglicht die Anreicherung gewünschter RNA-Spezies aus Gesamt-RNA von Mensch, Maus und Ratte.
Die effiziente Abreicherung ribosomaler RNAs aus unterschiedlichen Inputmengen (1 ug, 100 ng, 10 ng) universeller Referenz-RNA von Mensch, Maus und Ratte. Für die anschließende Library Prep wurde das NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit verwendet.
NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit
Aus Blutproben isolierte Gesamt-RNA enthält neben den für die Analyse relevanten RNA Spezies vor allem rRNA und Globin mRNA. Um die biologische Relevanz seltener vorkommender Transkripte besser analysieren zu können ist es häufig notwendig, diese unerwünschten RNAs möglichst spezifisch und effizient zu entfernen.
Der dem NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) zugrunde liegende RNase H-basierte RNA Depletion Workflow ermöglicht den spezifischen Abbau von Globin mRNA sowie zytoplasmatischer mitochondrialer rRNA. Dabei ist egal, ob die RNA intakt oder degradiert (z.B. FFPE-Material) ist.
- Kompatibel mit Gesamt RNA aus Blutproben
- Spezifische und effiziente Depletion von Globin mRNA und rRNA
- Kombinierbar mit poly(A) mRNA Isolation für eine zusätzliche Entfernung nicht-kodierender RNA
- Geeignet für RNA niedriger oder hoher Qualität (bereits ab RIN >1)
- 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
- Schneller Arbeitsablauf: 2 Stunden, mit weniger als 10 min Hands-On-Zeit
Die effiziente Depletion von Globin mRNA und ribosomaler RNA aus Blutproben von Mensch, Maus und Ratte
Die Depletion von Globin mRNA und ribosomaler RNA mit dem NEBNext Globin mRNA & rRNA Depletion Kit ermöglicht die Anreicherung gewünschter RNA-Spezies aus Blutproben von Mensch, Maus und Ratte. Für die anschließende Library Prep wurde das NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit verwendet.
NEBNext Bacterial rRNA Depletion Kit
Auch in Bakterien ist die große Mehrheit der RNA-Moleküle ribosomale RNA (rRNA). Der NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria) entfernt schnell und zuverlässig unerwünschte rRNA (5S, 16S und 23S) aus grampositiven und gramnegativen Organismen. Das Kit ist sowohl bei intakten als auch bei degradierten RNA-Präparaten, aus Monokulturen oder Proben mit gemischten Bakterienarten (z.B. Metatranscriptomics) einsetzbar.
Und das sagen unsere Kunden:
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„The NEB Bacterial Depletion has depleted rRNA equally or better than our previous ribodepletion gold standard across a wide RIN quality range. We have been pleased with the flexibility of Total RNA input ranges and have routinely gotten effective ribodepletion at 100 ng Total RNA Input in both single isolates and metagenomic samples. The protocol is also more ergonomically friendly than bead based ribodepletion protocols. Of all the new bacterial ribodepletion methods we have tested, NEB was by far the best.“ Research Assistant, Biomedical research institution |
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- Spezifische und effiziente Depletion bakterieller rRNA
- Geeignet für grampositive und gramnegative Spezies
- Kompatibel mit Mono- und Mischkulturen (``Metatranscriptomics``)
- Geeignet für RNA niedriger oder hoher Qualität (bereits ab RIN >1)
- 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
- Schneller Arbeitsablauf: 2 Stunden, mit weniger als 10 min Hands-On-Zeit
Das NEBNext rRNA Depletion Kit für Bakterien – ein Workflow für eine Bandbreite unterschiedlicher bakterieller Spezies.
Das NEBNext rRNA Depletion Kit für Bakterien ist optimiert für die Depletion ribosomaler RNA unterschiedlicher bakterieller Spezies, egal ob Mono- oder Mischkulturen, Gram-positiver oder Gram-negativer Bakterien. Beispielhaft abgebildet ist die Depletion ribosomaler RNA aus100 ng totaler RNA von Escherichia coli und Clostridum phytofermentans. Für die anschließende Library Prep wurde das NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit verwendet.
Custom RNA Depletion mit dem NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set (mit oder ohne Sample Purification Beads) – für alle Spezies oder RNAs geeignet!
Sie arbeiten mit einem Modellorganismus der nicht den Spezies Human, Maus, Ratte, Bacteria entspricht?
Sie möchten ganz spezielle RNAs wie mitochondriale RNAs oder mRNAs aus Ihren Sequenzier-Libraries ausschließen?
Dann ist das NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set with RNA Sample Purification Beads (auch ohne Aufreinigungsbeads erhältlich) für Sie genau das Richtige! Denn mit dem NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set erhalten Sie alle notwendigen Reagenzien für eine spezifische Depletion mittels der bewährten NEBNext RNase H Methode.
- Individuell anpassbare RNA-Depletion aus jedem Organismus mittels eigener Sonden
- Einfaches Sonden-Design mit dem NEBNext Custom RNA Depletion Design Tool
- Geeignet für RNA niedriger oder hoher Qualität (bereits ab RIN >1)
- 10 ng - 1 µg Gesamt-RNA Input
- Schneller Arbeitsablauf: 2 Stunden, mit weniger als 10 min Hands-On-Zeit
Schritt 1: Die notwendigen DNA-Sonden (Baits) generieren Sie mit unserem proprietären NEBNext Custom RNA Depletion Design Tool
Schritt 2: Bestellen Sie die entsprechenden Baits beim Oligo-Lieferanten Ihrer Wahl
Schritt 3: Nutzen Sie diesen Bait-Pool zusammen mit dem NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set with RNA Sample Purification Beads.
So entfernen Sie unerwünschte RNAs jeder Couleur oder Spezies schnell, spezifisch und zuverlässig aus Ihrer RNA-Probe. Praktischer geht’s nicht!
Und das sagen unsere Kunden:
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„The open-access tool to design sequences for rRNA removal that NEB is providing to the research community has been very useful for us. This method for customization of RNA depletion has proven valuable for a range of organisms. Use of custom probes for Xenopus laevis ribosomal RNA worked very well, resulting in complete depletion. And supplementing the probes in the NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria) with custom probes for the bacillus Eggerthella lenta led to 90% depletion of the ribosomal RNA.“ Dr. Vladimir Benes, Head of Genomics Core Facility, EMBL, Heidelberg |
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„This technology has been superb for eliminating the ribosomal RNA for a range of custom projects, including tracking novel viruses in mosquitoes, longitudinal profiling for astronauts, and host-pathogen interactions in COVID samples. Any species can now have a rich, in-depth profile created of its complex transcriptome, from non-coding RNAs to RNA modifications“ Dr. Christopher Mason, Weill Cornell Medicine, New York (USA) |
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Das NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set erlaubt eine komplett individualisierbare Abreicherung unerwünschter RNA-Spezies
Das NEBNext Custom RNA Depletion Design Tool wurde exemplarisch für die Herstellung von DNA-Sonden für die Depletion ribosomaler RNA aus der Gelbfiebermücke (Aedes aegypti), und den Archaeen Thermococcus kodakarensis und Pyrococcus furiosus genutzt. Der Sondenpool wurde in Kombination mit dem NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set für Abreicherung ribosomaler RNA aus RNA-Samples unterschiedlicher Inputmengen (1 ug, 100 ng, 10 ng) verwendet. Für die anschließende Library Prep wurde das NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit verwendet.
Erhältliche RNA Depletion Kits:
| PRODUKT | Art. # | GRÖSSE | INFO | ||
|---|---|---|---|---|---|
| NEBNext® RNA Depletion Core Reagent Set | E7865S | 6 rxns |  |
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| E7865L | 24 rxns | |
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| E7865X | 96 rxns | |
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| NEBNext® RNA Depletion Core Reagent Set with Beads | E7870S | 6 rxns | |
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| E7870L | 24 rxns | |
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| E7870X | 96 rxns | |
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| NEBNext® rRNA Depletion Kit v2 (Human/Mouse/Rat) | E7400S | 6 rxns | |
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| E7400L | 24 rxns | |
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| E7400X | 96 rxns | |
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| NEBNext® rRNA Depletion Kit v2 (Human/Mouse/Rat) with Beads | E7405S | 6 rxns | |
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| E7405L | 24 rxns | |
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| E7405X | 96 rxns | |
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| NEBNext® rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) | E6310S | 6 rxns | |
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| E6310L | 24 rxns | |
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| E6310X | 96 rxns | |
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| NEBNext® rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) with Beads | E6350S | 6 rxns | |
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| E6350L | 24 rxns | |
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| E6350X | 96 rxns | |
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| NEBNext® Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) | E7750S | 6 rxns | |
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| E7750L | 24 rxns | |
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| E7750X | 96 rxns | |
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| NEBNext® Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) with RNA Sample Purification Beads | E7755S | 6 rxns | |
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| E7755L | 24 rxns | |
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| E7755X | 96 rxns | |
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| NEBNext® rRNA Depletion Kit (Bacteria) | E7850S | 6 rxns | |
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| E7850L | 24 rxns | |
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| E7850X | 96 rxns | |
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| NEBNext® rRNA Depletion Kit (Bacteria) with RNA Sample Beads | E7860S | 6 rxns | |
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| E7860L | 24 rxns | |
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| E7860X | 96 rxns | |
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| Passend dazu: | |||||
| NEBNext® Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina | E7760S | 24 rxns | |
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| E7760L | 96 rxns | |
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| NEBNext® Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina® | E7770S | 24 rxns | |
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| E7770L | 96 rxns | |
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| NEBNext® Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module | E7490S | 24 rxns | |
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| E7490L | 96 rxns | |
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Stand: 01.01.2024
NEBNext Produkte erhalten Sie zum dauerhaften Niedrigpreis, der nicht weiter rabattiert werden kann.
Weiterführende Informationen finden Sie unter Technische Ressourcen oder auf neb.com. Informationen zu Namensrechten finden Sie hier.
